排污许可证制度，是要求向环境排放污染物的企事业单位和其他生产经营者申请许可证，按照排污许可证所规定的排放种类、浓度、总量及去向等要求排放污染物的环境行政管理制度。
排污许可证制度是环境行政管理核心手段。正如驾驶员驾驶车辆必须先取得驾驶证一样，排放污染物的企事业单位应当先申请取得排污许可证。排污许可证是环境权利与义务关系的载体，也是环境行政管理部门进行环境执法的平台。实行排污许可证制度，既有助于环境保护行政主管部门分类指导，动态掌握污染物排放情况，及时查处违法排污，强化执法监督；也有利于促使排污企事业单位加强环境管理，主动提示改造污染防治设施设备，有效控制各种污染物的排放浓度、减少排放总量；同时，也为排污权交易创造制度条件。

　　一、排污许可证制度存在的问题
目前，浙江、广东、湖南、山西等大多数省、直辖市、自治区出台了各自的排污许可证管理办法，但国家尚未建立统一的排污许可证制度。虽然2000年出台的《大气污染防治法》规定了“核发主要大气污染物排放许可证”、2008年修订的《水污染防治法》规定“国家实行排污许可制度”，授权国务院制定排污许可的具体办法和实施步骤，但历经多年，全国统一的排污许可管理制度仍未建立。致使：
　　1，法律有关排污许可的规定难以全面实施。比如，《水污染防治法》确定了排污许可全面实施的原则，一切排放工业废水、医疗污水的排污者均应取得排污许可证，禁止无证排污。但事实上，由于没有建立全国统一的排污许可证制度，《水污染防治法》的规定难以得到严格执行。
　　2，排污许可证的核发使用与总量控制指标不协调。“十一五”以来国家严格实施重点污染物总量控制及减排措施，但由于没有统一的排污许可证制度，重点污染物总量控制无法通过企事业单位的排污许可证进行分解和管控，排污许可证承载的排污量与区域核定的排放量也难以对应。
　　3，排污许可与环评审批等不衔接。将环评许可与排污许可机械地割裂，环评审批的形式不符合行政许可的范式，不能直接转化为管理依据。环评批复的排放条件、污染物种类、浓度、总量等不能直接体现到许可证之中，尤其在建设项目试运行阶段，缺乏许可的必要约束。
　　4，程序不清晰，核发许可条件不统一。由于没有统一的制度，各地申请排污许可的程序、审核条件各异，不利于统一管理，也不利于污染物排放的总量控制。
　　5，不按证排污无证排污现象突出。由于排污许可制度不完善，有些省、直辖市、自治区出台的排污许可证管理办法没有得到严格执行，有些省、直辖市、自治区尚未制定相应的排污许可证管理办法，环境执法部门缺少有效的管理手段，企事业单位和其他生产经营者不按证排污和无证排污的现象普遍存在。

　　二、关于排污许可证制度的建议
　　第一，完善排污许可立法，建立排污许可证管理的核心地位。最新修订的《环境保护法》第四十五条规定“国家依照法律规定实行排污许可管理制度”。国务院应当按照法律授权，加快起草制定《排污许可证制度管理条例》，以严密、统一的许可程序，实现排污许可制度全覆盖，建立“排污必持证、无证禁排污”的管理体系。借鉴国际经验，在环境管理改革中推行排污许可证一证式管理。
　　第二，强化法律制度衔接，健全排污许可管理机制。建立排污许可证与环境影响评价、总量控制、环境统计、环境监测、监管执法等全面对接的、有机的制度体系。
　　第三，引入公众参与，鼓励社会监督。建立排污许可的听证制度和信息公开制度，实行企业环境信息披露、政府环境信息公开，将行政许可与公众参与相结合，尊重环境利益相关方的权益。排污企业具体的环境信息应当作为法定的公众信息，保证其全面、客观、真实，保障和便利公众获取其污染物排放的种类、浓度、总量、污染物排放去向、环境风险等数据、资料。禁止企业利用自身的专业技术优势垄断信息，损害公共环境利益；鼓励环境公益诉讼，使行政监督与社会监督有机结合，完善排污许可证制度的实施机制。
　　第四，严格法律责任，推进排污权交易。在完善排污许可制度的基础上，将环境行政法律责任、环境污染损害的民事法律责任以及环境犯罪的刑事法律责任综合运用。发挥经济杠杆作用，改革排污收费制度，通过排污权交易转化为经济价值；对超许可总量排污的，实施惩罚性收费，或者通过购买排污权减免法律责任；对造成环境污染的，损害社会公众环境权益的，通过环境公益诉讼，追究环境污染损害的民事赔偿责任。对于通过技术革新和其他方式实现减排的，鼓励其交易排污权以获得经济收益，使节能减排具有内生动力。运用必要的行政手段，对无许可证排污及违反许可证排污等行为予以严厉惩治。