根据全国人大常委会颁布的在全国范围内对外商投资企业实施“负面清单”管理的决定（2016年9月3日），自2016年10月1日始对外商投资企业实行备案制，即实行负面清单管理制。为确保该决定的实施，国家工商总局于2016年9月30日发布了《关于做好外商投资企业实行备案管理后有关登记注册工作的通知》。

外国投资者在国家规定实施外商投资准入特别管理措施（以下简称《负面清单》）以外的产业进行投资的，商务部门的备案证明不是企业进行工商登记的前置条件。境外投资者在《负面清单》以外产业投资的，可以直接向登记机关申请外商投资企业设立、变更（备案）和注销登记，无需提交商务主管部门出具的备案证明；工商行政管理部门直接受理不涉及《负面清单》管理的外商投资企业设立、变更登记申请。

不涉及《负面清单》管理的外商投资企业的设立、变更（备案）和注销登记，原则上实行属地管辖，由外商投资企业所在地最基层一级外资被授权局负责办理（注：外资授权局是指国家工商总局和经国家工商总局授予外商投资企业核准登记权的地方工商和市场监管部门）。涉及《负面清单》管理的外商投资企业的设立、变更（备案）和注销登记，仍继续执行级别管辖原则。

已经设立的外商投资企业变更登记不涉及《负面清单》管理的，企业可以自主选择向原登记机关申请登记或者向所在地最基层一级外资被授权局申请登记。

  境外投资者从事《负面清单》内投资的，其向登记机关申请外商投资企业设立、变更和注销登记时，依法提交商务主管部门出具的批复和批准证书。 

已经设立的外商投资企业变更登记涉及《负面清单》管理的，或在本次变更登记中发生审批机关审批权限调整的，企业可以自主选择向原登记机关申请登记或者向与审批机关同级的外资被授权局申请登记，同级没有外资被授权局的，也可向上一级外资被授权局申请登记。

境外投资者在《负面清单》内投资的，其向登记机关申请外商投资企业设立、变更和注销登记时，依法提交商务主管部门出具的批复和批准证书。 

各级登记机关将按照内外资企业一致的原则履行审查责任，切实保障登记程序的规范和审查标准的统一。

2016年10月1日以前，申请人已经取得商务主管部门的批复和批准证书，但尚未到登记机关申请办理登记注册的，登记机关仍按照原“外资三法”和“台胞投资法”的规定办理登记注册。

国家发展改革委、商务部于2016年10月8日发布国家发展改革委商务部公告2016年第22号通知，确定了负面清单内容，即外商投资准入特别管理措施范围按《外商投资产业指导目录（2015年修订）》中限制类和禁止类，以及鼓励类中有股权要求、高管要求的有关规定执行。