自全国人大常委会颁布在全国范围内对外商投资企业实施“负面清单”管理的决定后（2016年9月3日），商务部于2016年10月8日颁布了具体的实施办法，《外商投资企业设立及变更备案管理暂行办法》（简称为“《备案管理办法》”）。《备案管理办法》自颁布之日起施行。

《办法》借鉴国际经验，建立了自主备案、如实备案的制度。《备案管理办法》第四条规定，外商投资企业或其投资者应当依照本办法真实、准确、完整地提供备案信息，填写备案申报承诺书，不得有虚假记载、误导性陈述或重大遗漏。外商投资企业或其投资者应妥善保存与已提交备案信息相关的证明材料。

《备案管理办法》共三十七条，分为五章，分别为总则、备案程序、监督管理、法律责任和附则。

外商投资企业的设立及变更，不涉及国家规定实施准入特别管理措施的，适用《备案管理办法》（第二条）。

关于不适用于备案的范围，即需要事先审批/核准的事项，发展改革委、商务部10月8日发布的公告中规定为：经国务院批准，外商投资准入特别管理措施范围按《外商投资产业指导目录（2015年修订）》（以下简称《目录》）中限制类和禁止类，以及鼓励类中有股权要求、高管要求的有关规定执行。涉及外资并购设立企业及变更的，按现行有关规定执行。

对于涉及《外商投资产业指导目录》限制类和禁止类以及鼓励类中有股权要求、高管要求的领域，不论金额大小或投资方式（新设、并购）均将继续实行审批管理；

对于外国投资者并购境内非外商投资企业，适用《关于外国投资者并购境内企业的规定》（商务部令2009年第6号），其中涉及上市公司的，适用《外国投资者对上市公司战略投资管理办法》（商务部、证监会、税务总局、工商总局、外汇局令2005年第28号）。

对于外商持有股份的上市公司及在全国中小企业股份转让系统挂牌的公司，《备案管理办法》在第六条中明确，外国投资者可仅在其持股比例变化累计超过5%或（相对）控股地位发生变化时，就投资者基本信息或股份变更事项办理备案手续，进一步减轻了企业申报负担。

《备案管理办法》第五、六条规定应填报外商投资企业最终实际控制人信息及外商投资企业投资者最终实际控制人信息。

自主备案流程为三步： 

一是外商投资企业或其投资者通过综合管理系统在线填报和提交备案申请材料（第五条、第六条、第七条）；

二是备案机构对填报信息形式上的完整性和准确性进行核对，并对申报事项是否属于备案范围进行甄别，在3个工作日内完成备案（第十一条）；

三是由备案人自行选择是否领取备案回执（第十二条）。 

值得一提的是，备案机构仅对外商投资企业或其投资者提交的备案信息和相关文件形式上的完整性和准确性进行核对，对申报事项是否属于备案范围进行甄别。

5抽查和处罚

外商投资企业应按规定自主和如实备案，否则，商务主管部门有权抽查和处罚。

《备案管理办法》第十四条规定，商务主管部门可采取抽查、根据举报进行检查、根据有关部门或司法机关的建议和反映的情况进行检查，以及依职权启动检查等方式，对外商投资企业或其投资者所填报的备案信息是否真实、准确、完整开展监督检查。同时，《备案管理办法》第二十条还规定，企业应配合商务主管部门提供有关材料。

《备案管理办法》第二十四条规定，外商投资企业或其投资者未能按期履行备案义务，或在进行备案时存在重大遗漏的，商务主管部门应责令限期改正；逾期不改正，或情节严重的，处3万元以下罚款。外商投资企业或其投资者逃避履行备案义务，在进行备案时隐瞒真实情况、提供误导性或虚假信息，商务主管部门应责令限期改正，并处3万元以下罚款。违反其他法律法规的，由有关部门追究相应法律责任。

6其他

根据《备案管理办法》第三十二条规定，投资类外商投资企业（包括投资性公司、创业投资企业）视同外国投资者，适用备案管理。根据《备案管理办法》第三十三条规定，港澳台地区投资者投资不涉及国家规定实施准入特别管理措施的，参照适用备案管理。此外，《备案管理办法》第三十四条规定，港澳服务提供者备案按照《港澳服务提供者在内地投资备案管理办法（试行）》办理。